W 2000 roku w ramach monitoringu regionalnego badano jakość wody z ujęcia głębinowego w Szczuczynie. Zakwalifikowano ją wtedy do klasy Ib.
W roku 2001 jej jakość obniżyła się do klasy II (średniej). Zadecydowały o tym podwyższone stężenia fosforanów, żelaza, manganu i amoniaku. Badania z 2002 roku wykazały poprawę jakości wody i zakwalifikowanie jej z powrotem do klasy czystości Ib.
Stan wody z ujęć podziemnych badany jest co roku. Z informacji przekazanych nam przez Urząd Miejski w Szczuczynie ostatni pobór próbek wody nastąpił 24.11.2004 roku z miejskiego wodociągu, w związku z prowadzonym przez Państwowy Powiatowy Inspektorat Sanitarny w Grajewie monitoringiem jakości.
30.11.2004 roku wydano ocenę wyników badania wody. Szczuczyńska woda otrzymała ponownie I klasę czystości. Dnia 13.12.2004 PPIS w Grajewie wydał decyzję o jej przydatności do spożycia.
W rejonie gminy Szczuczyn woda zanieczyszczana jest głównie przez związki organiczne pochodzące z nieszczelnych szamb.